• Mùa giải 2000 đến 2019: các đội thi đấu vòng tròn hai lượt tính điểm. Đội đội vô địch chuyển lên thi đấu tại V-League 1. Các đội cuối bảng (1 hoặc 2 đội tuỳ năm) phải xuống chơi tại Hạng nhì quốc gia.[5][6][7]. Thể thức này dự kiến sử dụng lại từ mùa giải 2022.
• Mùa giải 2020, do đại dịch COVID-19 tại Việt Nam, sau khi đấu vòng tròn 1 lượt xong, 6 đội xếp trên sẽ đá vòng tròn 1 lượt để tìm ra nhà vô địch, 6 đội còn lại sẽ đá vòng tròn 1 lượt để tìm ra 1 suất xuống hạng.
• Mùa giải 2021, sau khi đấu vòng tròn 1 lượt xong, 6 đội xếp trên sẽ đá vòng tròn một lượt để tìm ra nhà vô địch; đội Á quân sẽ thi đấu Play-off với đội đứng thứ 13 V.League 1 để xác định đội còn lại chơi tại V. League năm sau, 7 đội còn lại đá vòng tròn 1 lượt để tìm ra 1 suất xuống hạng.

Cách thức xếp hạng

Xếp chung cuộc theo thứ tự sau:

• Điểm số các đội (theo thứ tự từ cao đến thấp)
• Nếu có 2 hoặc nhiều đội bằng điểm nhau thì xếp theo thứ tự qua các chỉ số phụ:

• Kết quả đối đầu trực tiếp
• Hiệu số bàn thắng bàn thua
• Tổng số bàn thắng

Quy định về cầu thủ

• Từ năm 2005 đến 2015: Mỗi đội được đăng kí 2 ngoại binh thi đấu.
• Từ 2015: Các đội bóng chỉ được phép sử dụng nội binh.